Die S-Bahn fährt nur von Punkt zu Punkt – von Hauptbahnhof zu Hauptbahnhof. Auf dem Wiesbadener Stadtgebiet hat sie mit „Wiesbaden Ost“ und „Mainz-Kastel“ nur zwei zusätzliche Halte. Das gleiche gilt für Mainz mit „Mainz-Nord“ und „Römisches Theater“. Die CityBahn hält dagegen nicht nur an wenigen Haltepunkten, sondern an vielen Haltestellen zwischen den beiden Endhaltestellen. Für viele Verbindungen entfällt so der zeitraubende Umstieg am Hauptbahnhof. Wenn jeweils 10 Minuten Umsteigezeit in Wiesbaden und Mainz wegfallen, ist die Reisezeit mit der CityBahn auf vielen Verbindungen kürzer als mit der S-Bahn – obwohl die CityBahn nicht so schnell wie die S-Bahn unterwegs ist.
Die CityBahn ergänzt die S-Bahn in ähnlicher Weise wie aktuell die Buslinie 6, aber eben mit den Vorteilen einer Straßenbahn (mehr Komfort, mehr Platz, weniger von Stau betroffen). Darüber hinaus wird die Citybahn durchgehend barrierefrei sein (das ist bei der S-Bahn wegen unterschiedlicher Bahnsteighöhen nicht der Fall), im dichteren Takt fahren (das ist wegen der Auslastung der Bahnstrecken mit der S-Bahn nicht möglich) und die Umsteigewege zu den Bussen sind erheblich kürzer.